Die Hochschulregion Tübingen-Hohenheim wird von einem Lenkungskreis geleitet, der aus den Rektoren und Kanzlern der Mitgliedshochschulen besteht.

Die Geschäftsstelle der Hochschulregion organisiert und koordiniert die Arbeit des Verbundes im Auftrag des Lenkungskreises.

Mit Fördergeldern des Landes Baden-Württemberg wurden von 2014-2017 zu priorisierten Entwicklungsfeldern Arbeitsgruppen gegründet, die jeweils eine Hochschule für angewandte Wissenschaften federführend leitete:

• Personalentwicklung 
• Kompetenzregion Nachhaltige Entwicklung 
• Qualitätssicherung und -steigerung 
• Umweltmanagement nach EMAS Zertifizierung 
• Beschaffung/Ausstattung 
• IT und Informationswesen/Rechenzentren 
• Ad hoc Arbeitsgruppen in Lehre und Forschung

Seitdem sind viele Kooperationen innerhalb der Hochschulen verstetigt und die Mitarbeitenden gut vernetzt. Bei organisatorischen Belangen werden die Arbeitsgruppen von der Geschäftsstelle unterstützt.